Projektisalkku on päätöksenteon kannalta organisaatiolle tärkeä tietovarasto. Jotta päätöksenteko pohjautuu luotettavaan ja ajantasaiseen tietoon määrävälein harkita projektisalkun riippumatonta tarkastusta.
Tarkastussuunnitelma on projektisalkun auditointiin liittyen tärkeä tarkastustyötä ohjaava asiakirja. Tarkastussuunnitelmalla pyritään myös kertomaan tarkastettavalle kohteelle mihin riskeihin halutaan huomiota kiinnittää.
Tarkastuksen osa-alueita voivat itse projektisalkkujärjestelmän lisäksi olla mm. toimintamallit, henkilöstön vastuut, projektisalkun tietomalli, tietoturva ja mahdolliset viranomaisvaatimukset.
Projektisalkun auditoinnin vastuu on usein organisaation sisäisellä tarkastuksella. Sisäinen tarkastus voi hyödyntää ulkopuolisen asiantuntemusta tarkastuksessa sopivalla rajauksella tai tilaamalla kokonaisvaltaisempi End-to-End projektisalkun auditointi sitä tarjoavalta organisaatiolta. Projektisalkun hyvä auditointi edellyttää kokemusta jotta tarkastaja tietää missä ovat projektisalkun ja projektisalkunhallinnan keskeiset riskit ja kontrollipuutteet. Projektisalkun tarkastus on tyypillisesti parin päivän työ edellyttäen siihen liittyvän tausta-aineiston koostamisen ja läpikäynnin. Tarkastuksen pohjalta syntyy ehdotus korjaavista toimenpiteistä jotka käsitellään projektisalkun omistajan, projektitoimiston ja nimettyjen avainhenkilöiden kanssa. Tarkastuksen loppuraporttiin odotetaan yleensä vastinetta – kirjallista lupausta korvaajien toimenpiteiden aikataulutuksesta ja henkilövastuista.
Keskeiset kontrollipuutteet projektisalkussa liittyy tietosisältöön ja sen oikeellisuuteen, projektisalkun kriteeristöihin ja luokitteluihin, päätöksenteossa hyödynnettävien raportteihin, sisällön kattavuutteen (projektisalkun tulee edustaa riittävän suurta kriittistä massaa projekteja jotta salkuttamista voidaan päätöksenteossa hyödyntää) ja käyttäjähallintaan sekä pääsyvaltuuksiin. Lähtökohtana on tunnistaa projektisalkun riittävät ennakoivat, havaitsevat ja korvaavat kontrollit sekä arvioida niiden vaatimustenmukaisuus hyvän projektisalkunhallinnan kannalta.
Projektisalkun auditointi voidaan kohdentaa myös nimettyyn, projektisalkussa olevaan kriittisten ja tärkeiden projektien joukkoon. Tarkastelussa näkökulmana on silloin rajattu otos projektisalkun sisällöstä ja tätä kautta tuotetaan näkemys projektisalkun tilannekuvasta.
